La viruela sísmica aspectos relacionados a la fisiopatología, genoma, patogénesis, transmisión, replicación e inmunología / Aspects Related to pathophysiology, Genome, Pathogenesis, Transmission, Replication and Immunology of Monkeypox

Introducción: La viruela símica es una enfermedad zoonótica identificada por primera vez en 1958. El virus es un miembro del género Orthopoxvirus, de la familia Poxviridae. Infecta a una amplia variedad de mamíferos y se desconoce su reservorio natural. Objetivos: Describir los aspectos importantes relacionados a la fisiopatología, genoma, patogénesis, transmisión, replicación e inmunología de la viruela símica. Métodos: Se realizó una búsqueda de artículos originales, reportes de casos, revisiones bibliográficas y sistemáticas en el Portal Regional de la BVS, PubMed, Science, Nature y Lancet. Se consultaron los informes de la Organización Mundial de la Salud y la Organización Panamericana de la Salud sobre la viruela símica. Resultados: La propagación del virus de la viruela símica puede ocurrir a través del contacto cercano con lesiones, fluidos corporales, gotitas respiratorias y objetos contaminados. Una vez dentro del organismo, el virus infecta mucosas, células epiteliales y células inmunitarias de los tejidos adyacentes. El virus se replica y disemina rápidamente a través del sistema hemático y linfático. Las células T desempeñan un papel importante en la regulación de la respuesta inmunitaria contra el virus. Sin embargo, los Orthopoxvirus han desarrollado varios mecanismos para la evasión de la respuesta inmunitaria. Conclusiones: Los aspectos importantes descritos que se tuvieron en cuenta acerca de la transmisión de la viruela símica han tenido cambio significativo con el tiempo. El brote mundial de viruela símica de 2022 presentó una cadena de transmisión principalmente entre humanos asociada al contacto sexual(AU).

Introduction: Monkeypox is a zoonotic disease that was first identified in 1958. The virus is a member of Orthopoxvirus genus, of Poxviridae family. It infects wide variety of mammals and its natural reservoir is unknown. Objectives: To describe the important aspects related to pathophysiology, genome, pathogenesis, transmission, replication and immunology of monkeypox. Methods: A search of original articles, case reports, bibliographic and systematic reviews was carried out in VHL Regional Portal, PubMed, Science, Nature and Lancet. Reports from the World Health Organization and the Pan American Health Organization on monkeypox were consulted. Results: Spread of monkeypox virus can occur through close contact with lesions, body fluids, respiratory droplets, and contaminated objects. Once inside the body, the virus infects mucous membranes, epithelial cells and immune cells of adjacent tissues. The virus replicates and spreads rapidly through the blood and lymphatic system. T cells play an important role in regulating the immune response against the virus. However, Orthopoxviruses have developed several mechanisms to evade the immune response. Conclusions: The important aspects described, taken into account about monkeypox transmission, have significantly changed over time. 2022 global monkeypox outbreak presented a chain of transmission primarily among humans associated with sexual contact(AU)

Candida auris: a global pathogen that has taken root in Colombia

Candida auris has been recognized as an emerging multidrug-resistant pathogen with a significant public health burden, causing cases of invasive infection and colonization due to its persistence on inanimate surfaces, ability to colonize skin of some patients, and high transmissibility in healthcare settings. The first sporadic report of the isolation of this species from the ear canal of a patient in Asia was in 2009 and reports from other regions of the world soon followed. However, it was not until 2015 that global epidemiological alerts were communicated as a result of an increasing number of reports of invasive infections caused by C. auris in several countries. Colombia was soon added to this list in 2016 after an unusual increase in the number of C. haemulonii isolates was reported, later confirmed as C. auris. Since the issuing of a national alert by the Colombian National Institute of Health together with the Ministry of Health in 2016, the number of cases reported reached over 2,000 by 2022. Colombian isolates have not shown pan resistance to available antifungals, unlike C. auris strains reported in other regions of the world, which leaves patients in Colombia with therapeutic options for these infections. However, increasing fluconazole resistance is being observed. Whole-genome sequencing of Colombian C. auris isolates has enhanced molecular epidemiological data, grouping Colombian isolates in clade IV together with other South American isolates. Data from Colombia showed that public health authorities, scientific community, and the general public need to be aware of fungal diseases as they present an often-deadly threat to patients.

Candida auris ha sido reconocido como un agente patógeno multirresistente emergente con una carga significativa en la salud pública. Genera casos de infección invasiva y colonización debido a su persistencia en superficies inanimadas, su capacidad para colonizar fácilmente la piel de algunos pacientes y su alta transmisibilidad en el ambiente hospitalario. El primer reporte esporádico de esta especie fue en Asia en el 2009 cuando se realizó su aislamiento a partir del conducto auditivo de un paciente, y pronto le siguieron reportes en otras regiones del mundo. Sin embargo, no fue hasta 2015 que se conocieron las alertas epidemiológicas a nivel mundial debido a un aumento en el número de casos de infecciones causadas por C. auris en varios países. Colombia se sumó a la lista en 2016 luego de un aumento inusual en el número de aislamientos de C. haemulonii informados, que luego se confirmaron como C. auris. Desde que el Instituto Nacional de Salud junto con el Ministerio de Salud emitieron la Alerta Nacional en el 2016, el número de casos reportados superó los 2.000 en el 2022. Los aislamientos colombianos no han mostrado resistencia generalizada a los antifúngicos disponibles, contrario a lo reportado para cepas de C. auris en algunas regiones del mundo, por lo que los pacientes en Colombia aún cuentan con opciones terapéuticas para estas infecciones. No obstante, se ha observado un aumento en la resistencia al fluconazol. La secuenciación del genoma completo agrupó los aislamientos colombianos en el Ciado IV, junto con otros sudamericanos de C. auris, y aportó al conocimiento de los datos epidemiológicos moleculares de esta especie. Los datos de Colombia evidencian que las autoridades de salud pública, la comunidad científica y el público en general deben ser conscientes de las enfermedades fúngicas, ya que a menudo representan una amenaza mortal para los pacientes.

First molecular characterization of Escherichia coli O157:H7 isolates from clinical samples in Paraguay using whole-genome sequencing Molecular characterization of Escherichia coli O157 isolates from Paraguay / Primera caracterización molecular de aislamientos de Escherichia coli O157:H7 provenientes de muestras clínicas en Paraguay utilizando secuenciación de genoma completo

Abstract Escherichia coli O157:H7 is a foodborne pathogen implicated in numerous outbreaks worldwide that has the ability to cause extra-intestinal complications in humans. The Enteropathogens Division of the Central Public Health Laboratory (CPHL) in Paraguay is working to improve the genomic characterization of Shiga toxin-producing E. coli (STEC) to enhance laboratory-based surveillance and investigation of foodborne disease outbreaks. Whole genome sequencing (WGS) is proposed worldwide to be used in the routine laboratory as a high-resolution tool that allows to have all the results in a single workflow. This study aimed to carry out for the first time, the genomic characterization by WGS of nine STEC O157:H7 strains isolated from human samples in Paraguay. We were able to identify virulence and resistance mechanisms, MLST subtype, and even establish the phylogenetic relationships between isolates. Furthermore, we detected the presence of strains belonging to hypervirulent clade 8 in most of the isolates studied.

Resumen Escherichia coli O157:H7 es un patógeno transmitido por alimentos implicado en numerosos brotes en todo el mundo y es capaz de causar complicaciones extraintestinales en humanos. La sección de «Enteropatógenos¼ del Laboratorio Central de Salud Pública trabaja en mejorar la caracterización genómica de STEC, de modo de potenciar la vigilancia laboratorial y la investigación de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. La secuenciación de genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) se propone a nivel mundial como una herramienta de alta resolución para ser utilizada en el laboratorio de rutina, ya que permite obtener todos los resultados en un único proceso. El objetivo de este trabajo fue llevar a cabo, por primera vez, la caracterización genómica por WGS de nueve cepas STEC O157:H7 aisladas en Paraguay a partir de muestras de origen humano. Pudimos identificar los factores de virulencia, los mecanismos de resistencia, el subtipo MLST, e incluso pudimos establecer la relación filogenética entre los aislamientos. Además, detectamos que la mayoría de las cepas pertenecían al clado hipervirulento 8.

Viruela símica: una revisión narrativa de la fisiopatología

La viruela símica es una enfermedad zoonótica identificada por primera vez en 1958. El virus es un miembro del género Orthopoxvirus, de la familia Poxviridae. Infecta a una amplia variedad de mamíferos, pero se desconoce su reservorio natural. El virus del brote de 2022 pertenece a los clados IIa y IIb. Es probable que la aparición del brote actual se deba a las importaciones del brote de Nigeria de 2017-2018. La propagación de persona a persona puede ocurrir a través del contacto cercano con lesiones, fluidos corporales, gotitas respiratorias y objetos contaminados. Una vez dentro del organismo, el virus infecta las mucosas, células epiteliales y células inmunitarias de los tejidos adyacentes. Luego, el virus se replica y disemina rápidamente a través del sistema hemático y linfático. Las células T desempeñan un papel importante en la regulación de la respuesta inmunitaria contra el virus. Sin embargo, los Orthopoxvirus han desarrollado varios mecanismos para la evasión de la respuesta inmunitaria. La vigilancia de la enfermedad es un factor crucial en la evaluación de riesgo del virus y del control del brote. Para esta revisión se realizó la búsqueda de los principales artículos relacionados a la patogenia del virus, publicados hasta la fecha. El artículo destaca la necesidad de nuevos estudios sobre transmisibilidad y patogenicidad de las cepas asociadas al brote de 2022.

Monkeypox is a zoonotic disease first identified in 1958. The virus is a member of the genus Orthopoxvirus, family Poxviridae. It infects a wide variety of mammals, but its natural reservoir is unknown. The virus in the 2022 outbreak belongs to clades IIa and IIb. The emergence of the current outbreak is likely to be due to importations from the 2017-2018 Nigerian outbreak. Person to person spread can occur through close contact with lesions, body fluids, respiratory droplets and contaminated objects. Once inside the body, the virus infects mucous membranes, epithelial cells and immune cells in adjacent tissues. The virus then replicates and spreads rapidly through the blood and lymphatic system. Tcells play an important role in regulating the immune response against the virus. However, Orthopoxvirus have evolved several mechanisms for evasion of the immune response. Disease surveillance is a crucial factor in virus risk assessment and outbreak control. For this review we searched for the main articles related to the pathogenesis of the virus published to date. The article highlights the need for further studies on transmissibility and pathogenicity of the strains associated with the 2022 outbreak.

The dynamics of genome size and GC contents evolution in genus Nicotiana / A dinâmica do tamanho do genoma e a evolução dos conteúdos de GC no gênero Nicotiana

Abstract Hybridization and Polyploidization are most common of the phenomenon observed in plants, especially in the genus Nicotiana leading to the duplication of genome. Although genomic changes associated with these events has been studied at various levels but the genome size and GC content variation is less understood because of absence of sufficient genomic data. In this study the flow cytometry technique was used to uncover the genome size and GC contents of 46 Nicotiana species and we compared the genomic changes associated with the hybridization events along evolutionary time scale. The genome size among Nicotiana species varied between 3.28 pg and 11.88 pg whereas GC contents varied between 37.22% and 51.25%. The tetraploid species in genus Nicotiana including section Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica and Sauveolentes revealed both up and downsizing in their genome sizes when compared to the sum of genomes of their ancestral species. The genome sizes of three homoploid hybrids were found near their ancestral species. Loss of large genome sequence was observed in the evolutionary more aged species (>10 Myr) as compared to the recently evolved one's (<0.2 Myr). The GC contents were found homogenous with a mean difference of 2.46% among the Nicotiana species. It is concluded that genome size change appeared in either direction whereas the GC contents were found more homogenous in genus Nicotiana.

Resumo A hibridização e a poliploidização são os fenômenos mais comuns observados em plantas, principalmente no gênero Nicotiana, levando à duplicação do genoma. Embora as mudanças genômicas associadas a esses eventos tenham sido estudadas em vários níveis, o tamanho do genoma e a variação do conteúdo de GC são menos compreendidos devido à ausência de dados genômicos suficientes. Neste estudo, a técnica de citometria de fluxo foi usada para descobrir o tamanho do genoma e o conteúdo de GC de 46 espécies de Nicotiana, e comparamos as mudanças genômicas associadas aos eventos de hibridização ao longo da escala de tempo evolutiva. O tamanho do genoma entre as espécies de Nicotiana variou entre 3,28 pg e 11,88 pg, enquanto os conteúdos de GC variaram entre 37,22% e 51,25%. As espécies tetraploides do gênero Nicotiana, incluindo as seções Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica e Sauveolentes, revelaram aumento e redução do tamanho do genoma quando comparados à soma dos genomas de suas espécies ancestrais. Os tamanhos do genoma de três híbridos homoploides foram encontrados perto de suas espécies ancestrais. A perda da grande sequência do genoma foi observada nas espécies evolutivas mais velhas (> 10 Myr) em comparação com as que evoluíram recentemente (< 0,2 Myr). Os teores de GC foram homogêneos com diferença média de 2,46% entre as espécies de Nicotiana. Conclui-se que a mudança no tamanho do genoma apareceu em ambas as direções, enquanto os conteúdos de GC foram encontrados mais homogêneos no gênero Nicotiana.

Genomic surveillance and sequencing of SARS-CoV-2 across South America / Vigilancia genómica y secuenciación del SARS-CoV-2 en América del Sur / Vigilância genômica e sequenciamento do SARS-CoV-2 na América do Sul

ABSTRACT After 2 years of the COVID-19 pandemic, the protocols used to control infection lack attention and analysis. We present data about deposits of complete genomic sequences of SARS-CoV-2 in the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) database made between January 2021 and May 31, 2022. We build the distribution profile of SARS-CoV-2 variants across South America, highlighting the contribution and influence of each variant over time. Monitoring the genomic sequences in GISAID illustrates negligence in the follow up of infected patients in South America and also the discrepancies between the number of complete genomes deposited throughout the pandemic by developed and developing countries. While Europe and North America account for more than 9 million of the genomes deposited in GISAID, Africa and South America deposited less than 400 000 genome sequences. Genomic surveillance is important for detecting early warning signs of new circulating viruses, assisting in the discovery of new variants and controlling pandemics.

RESUMEN Tras dos años de pandemia del COVID-19, los protocolos empleados para controlar la infección carecen de atención y análisis. En este artículo se presentan datos sobre depósitos de secuencias genómicas completas del SARS-CoV-2 en la base de datos de secuenciación GISAID, la Iniciativa mundial para intercambiar todos los datos sobre la gripe aviar, realizadas entre enero del 2021 y el 31 de mayo del 2022. Se creó el perfil de distribución de las variantes del SARS-CoV-2 en América del Sur, en el que se destacaron la contribución y la influencia de cada variante a lo largo del tiempo. El monitoreo de las secuencias genómicas en GISAID ilustra la negligencia en el seguimiento de los pacientes infectados en América del Sur, así como las discrepancias entre el número de genomas completos depositados a lo largo de la pandemia por parte de los países desarrollados y los países en desarrollo. Mientras que Europa y América del Norte han depositado más de 9 millones de genomas en GISAID, África y América del Sur han aportado menos de 400 000 secuencias genómicas. La vigilancia genómica es importante para detectar los primeros signos de alerta de virus nuevos en circulación, ayudar en el descubrimiento de nuevas variantes y controlar las pandemias.

RESUMO Após 2 anos da pandemia de covid-19, os protocolos usados para controlar a infecção necessitam maior atenção e análise. Apresentamos dados sobre as sequências genômicas completas do SARS-CoV-2 depositadas no banco de dados do a iniciativa internacional para o intercâmbio de dados sobre os vírus da influenza (GISAID) entre janeiro de 2021 e 31 de maio de 2022. Construímos o perfil de distribuição das variantes do SARS-CoV-2 na América do Sul, destacando a contribuição e a influência de cada variante ao longo do tempo. O monitoramento das sequências genômicas do GISAID ilustra a negligência no acompanhamento de pacientes infectados na América do Sul e as discrepâncias entre os países desenvolvidos e em desenvolvimento com relação ao número de genomas completos depositados ao longo da pandemia. Enquanto a Europa e a América do Norte respondem por mais de 9 milhões dos genomas depositados no GISAID, a África e a América do Sul depositaram menos de 400 000 sequências genômicas. A vigilância genômica é importante para detectar sinais de alerta precoces de novos vírus circulantes, auxiliar na descoberta de novas variantes e controlar pandemias.

Intervention of next-generation sequencing in diagnosis of Alzheimer's disease: challenges and future prospects / Intervenção do sequenciamento de nova geração no diagnóstico da doença de Alzheimer: desafios e perspectivas futuras

ABSTRACT Clinical diagnosis of several neurodegenerative disorders based on clinical phenotype is challenging due to its heterogeneous nature and overlapping disease manifestations. Therefore, the identification of underlying genetic mechanisms is of paramount importance for better diagnosis and therapeutic regimens. With the emergence of next-generation sequencing, it becomes easier to identify all gene variants in the genome simultaneously, with a system-wide and unbiased approach. Presently various bioinformatics databases are maintained on discovered gene variants and phenotypic indications are available online. Since individuals are unique in their genome, evaluation based on their genetic makeup helps evolve the diagnosis, counselling, and treatment process at the personal level. This article aims to briefly summarize the utilization of next-generation sequencing in deciphering the genetic causes of Alzheimer's disease and address the limitations of whole genome and exome sequencing.

RESUMO O diagnóstico clínico de vários distúrbios neurodegenerativos com base no fenótipo clínico é difícil devido à sua natureza heterogênea e às manifestações da doença que se sobrepõem. Portanto, a identificação dos mecanismos genéticos subjacentes é de suma importância para um melhor diagnóstico e regimes terapêuticos. Com o surgimento do sequenciamento de próxima geração, o diagnóstico se tornou mais acessível com uma abordagem imparcial em todo o sistema para identificar simultaneamente todas as variantes de genes no genoma. Atualmente, vários bancos de dados de bioinformática sobre variantes genéticas descobertas e indicações fenotípicas estão disponíveis online. Uma vez que os indivíduos são únicos em seu genoma, a avaliação com base em sua composição genética ajudou na evolução do processo de diagnóstico, aconselhamento e tratamento em nível pessoal. Este artigo teve como objetivo resumir brevemente a utilização do sequenciamento de próxima geração para decifrar as causas genéticas da doença de Alzheimer (DA) e abordar as limitações do sequenciamento completo do genoma e do exoma.

Whole-genome sequencing for surveillance of antimicrobial resistance in Ecuador: present and future implications / Secuenciación del genoma completo para la vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador: implicaciones actuales y futuras / Sequenciamento do genoma completo para vigilância da resistência aos antimicrobianos no Equador: implicações presentes e futuras

ABSTRACT Whole-genome sequencing is becoming the gold standard for pathogen characterization and offers considerable advantages for understanding the evolution and dissemination of new determinants of antimicrobial resistance. Despite the benefits of whole-genome sequencing for pathogen characterization, implementation costs and lack of expertise may limit its use by public health laboratories. This article reviews the advantages of whole-genome sequencing for pathogen characterization and the current status of the use of whole-genome sequencing for antimicrobial resistance surveillance in Ecuador. A roadmap is suggested for including whole-genome sequencing for pathogen characterization based on the needs of the health reference institutions through alliances with Ecuadorian universities. Establishing a partnership between public health institutions and academia would be valuable for clinicians, policy-makers, and epidemiologists who could then take reasonable measures in those areas and establish a basis for adapting One Health strategies to tackle antimicrobial resistance in Ecuador.

RESUMEN La secuenciación del genoma completo, que está pasando a ser el estándar de referencia para la caracterización de agentes patógenos, ofrece ventajas considerables para comprender la evolución y la diseminación de los nuevos determinantes de la resistencia a los antimicrobianos. Sin embargo, a pesar de los beneficios que genera, los costos de ejecución y la falta de experiencia pueden limitar su uso por parte de los laboratorios de salud pública. En este artículo se evalúan las ventajas de la secuenciación del genoma completo para la caracterización de agentes patógenos y el estado actual del uso de la secuenciación del genoma completo en la vigilancia de la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador. Se propone una hoja de ruta para incluir la secuenciación del genoma completo para la caracterización de agentes patógenos según las necesidades de las instituciones de salud de referencia, lo que se haría por medio de alianzas con universidades ecuatorianas. Establecer una asociación entre las instituciones de salud pública y los círculos académicos sería sumamente valioso para los médicos, los responsables de las políticas y los epidemiólogos, que podrían adoptar medidas razonables en sus ámbitos y sentar una base para adaptar las estrategias de "Una salud" a fin de abordar la resistencia a los antimicrobianos en Ecuador.

RESUMO O sequenciamento do genoma completo está se tornando o padrão ouro para a caracterização de patógenos e oferece vantagens consideráveis para a compreensão da evolução e disseminação de novos determinantes de resistência aos antimicrobianos. Apesar dos benefícios do sequenciamento do genoma completo para a caracterização de patógenos, os custos de implementação e a falta de especialização podem limitar seu uso pelos laboratórios de saúde pública. Este artigo analisa as vantagens do sequenciamento do genoma completo para a caracterização de patógenos e a situação atual do uso desta técnica para a vigilância da resistência aos antimicrobianos no Equador. Sugere-se um roteiro para incluir o sequenciamento de genomas completos para caracterização de patógenos com base nas necessidades das instituições de saúde de referência, por meio de alianças com universidades equatorianas. A criação de uma parceria entre instituições de saúde pública e entidades acadêmicas seria valiosa para clínicos, formuladores de políticas e epidemiologistas, que poderiam, assim, tomar medidas razoáveis nessas áreas e estabelecer uma base para adaptar estratégias de Saúde Única para combater a resistência aos antimicrobianos no Equador.

The dynamics of genome size and GC contents evolution in genus Nicotiana / A dinâmica do tamanho do genoma e a evolução dos conteúdos de GC no gênero Nicotiana

Hybridization and Polyploidization are most common of the phenomenon observed in plants, especially in the genus Nicotiana leading to the duplication of genome. Although genomic changes associated with these events has been studied at various levels but the genome size and GC content variation is less understood because of absence of sufficient genomic data. In this study the flow cytometry technique was used to uncover the genome size and GC contents of 46 Nicotiana species and we compared the genomic changes associated with the hybridization events along evolutionary time scale. The genome size among Nicotiana species varied between 3.28 pg and 11.88 pg whereas GC contents varied between 37.22% and 51.25%. The tetraploid species in genus Nicotiana including section Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica and Sauveolentes revealed both up and downsizing in their genome sizes when compared to the sum of genomes of their ancestral species. The genome sizes of three homoploid hybrids were found near their ancestral species. Loss of large genome sequence was observed in the evolutionary more aged species (>10 Myr) as compared to the recently evolved one’s (<0.2 Myr). The GC contents were found homogenous with a mean difference of 2.46% among the Nicotiana species. It is concluded that genome size change appeared in either direction whereas the GC contents were found more homogenous in genus Nicotiana.

A hibridização e a poliploidização são os fenômenos mais comuns observados em plantas, principalmente no gênero Nicotiana, levando à duplicação do genoma. Embora as mudanças genômicas associadas a esses eventos tenham sido estudadas em vários níveis, o tamanho do genoma e a variação do conteúdo de GC são menos compreendidos devido à ausência de dados genômicos suficientes. Neste estudo, a técnica de citometria de fluxo foi usada para descobrir o tamanho do genoma e o conteúdo de GC de 46 espécies de Nicotiana, e comparamos as mudanças genômicas associadas aos eventos de hibridização ao longo da escala de tempo evolutiva. O tamanho do genoma entre as espécies de Nicotiana variou entre 3,28 pg e 11,88 pg, enquanto os conteúdos de GC variaramentre 37,22% e 51,25%. As espécies tetraploides do gênero Nicotiana, incluindo as seções Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica e Sauveolentes, revelaram aumento e redução do tamanho do genoma quando comparados à soma dos genomas de suas espécies ancestrais. Os tamanhos do genoma de três híbridos homoploides foram encontrados perto de suas espécies ancestrais. A perda da grande sequência do genoma foi observada nas espécies evolutivas mais velhas (> 10 Myr) em comparação com as que evoluíram recentemente (< 0,2 Myr). Os teores de GC foram homogêneos com diferença média de 2,46% entre as espécies de Nicotiana. Conclui-se que a mudança no tamanho do genoma apareceu em ambas as direções, enquanto os conteúdos de GC foram encontrados mais homogêneos no gênero Nicotiana.

The dynamics of genome size and GC contents evolution in genus Nicotiana

Abstract Hybridization and Polyploidization are most common of the phenomenon observed in plants, especially in the genus Nicotiana leading to the duplication of genome. Although genomic changes associated with these events has been studied at various levels but the genome size and GC content variation is less understood because of absence of sufficient genomic data. In this study the flow cytometry technique was used to uncover the genome size and GC contents of 46 Nicotiana species and we compared the genomic changes associated with the hybridization events along evolutionary time scale. The genome size among Nicotiana species varied between 3.28 pg and 11.88 pg whereas GC contents varied between 37.22% and 51.25%. The tetraploid species in genus Nicotiana including section Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica and Sauveolentes revealed both up and downsizing in their genome sizes when compared to the sum of genomes of their ancestral species. The genome sizes of three homoploid hybrids were found near their ancestral species. Loss of large genome sequence was observed in the evolutionary more aged species (>10 Myr) as compared to the recently evolved ones ( 0.2 Myr). The GC contents were found homogenous with a mean difference of 2.46% among the Nicotiana species. It is concluded that genome size change appeared in either direction whereas the GC contents were found more homogenous in genus Nicotiana.

Resumo A hibridização e a poliploidização são os fenômenos mais comuns observados em plantas, principalmente no gênero Nicotiana, levando à duplicação do genoma. Embora as mudanças genômicas associadas a esses eventos tenham sido estudadas em vários níveis, o tamanho do genoma e a variação do conteúdo de GC são menos compreendidos devido à ausência de dados genômicos suficientes. Neste estudo, a técnica de citometria de fluxo foi usada para descobrir o tamanho do genoma e o conteúdo de GC de 46 espécies de Nicotiana, e comparamos as mudanças genômicas associadas aos eventos de hibridização ao longo da escala de tempo evolutiva. O tamanho do genoma entre as espécies de Nicotiana variou entre 3,28 pg e 11,88 pg, enquanto os conteúdos de GC variaram entre 37,22% e 51,25%. As espécies tetraploides do gênero Nicotiana, incluindo as seções Polydiclae, Repandae, Nicotiana, Rustica e Sauveolentes, revelaram aumento e redução do tamanho do genoma quando comparados à soma dos genomas de suas espécies ancestrais. Os tamanhos do genoma de três híbridos homoploides foram encontrados perto de suas espécies ancestrais. A perda da grande sequência do genoma foi observada nas espécies evolutivas mais velhas (> 10 Myr) em comparação com as que evoluíram recentemente ( 0,2 Myr). Os teores de GC foram homogêneos com diferença média de 2,46% entre as espécies de Nicotiana. Conclui-se que a mudança no tamanho do genoma apareceu em ambas as direções, enquanto os conteúdos de GC foram encontrados mais homogêneos no gênero Nicotiana.

Aspectos éticos y recomendaciones para investigación en seres humanos en la era genómica

Este artículo revisa los principales desafíos éticos que plantea la investigación vinculada al genoma humano a la luz de la bibliografía internacional y entrega recomendaciones sobre su abordaje basada en nuestra experiencia en el Comité de Ética para la Investigación en Seres Humanos de la Facultad de Medicina, Universidad de Chile, incluyendo las regulaciones legales nacionales. Los estándares éticos de la investigación en seres humanos deben extremarse para proteger adecuadamente a los participantes en estudios involucrados con la genómica. Especialmente relevantes en este contexto son: la protección de la confidencialidad y anonimato; la política de entrega de resultados y la posibilidad de retirarse del estudio. Compartir datos resultantes de investigaciones genéticas permite optimizar recursos, otorga mayor transparencia y replicabilidad de los análisis y permite descubrir alteraciones genéticas responsables de enfermedades raras y genes involucrados en enfermedades hereditarias multifactoriales, además de contribuir al diseño de medicina de precisión y de nuevas estrategias terapéuticas. Sin embargo, plantea grandes desafíos: proteger la privacidad y evitar la re-identificación de los voluntarios, la entrega de resultados con asesoría pre y post estudio. Estos aspectos requieren la elaboración de un cuidadoso proceso de consentimiento informado para investigaciones genómicas cuyos componentes principales se analizan en este artículo.

This article reviews the main ethical challenges posed by human genome research in the light of the international literature and provides recommendations on how to approach them based on our experience in the Ethics Committee for Research on Human Subjects of the Faculty of Medicine, University of Chile, including national legal regulations. Ethical standards in human research must be extreme, in order to adequately protect participants in studies involving genomics. Particularly relevant in this context are the protection of confidentiality and anonymity; the policy of delivery of results and the possibility of withdrawing from the study. Sharing data resulting from genetic research optimizes resources, provides greater transparency, and replicability of the analyses and makes it possible to discover genetic alterations responsible for rare diseases and genes involved in multi-factorial hereditary diseases, as well as contributing to the design of precision medicine and new therapeutic strategies. However, it poses great challenges: protecting privacy and avoiding re-identification of volunteers, delivery of results with pre- and post-study counseling. These aspects require the elaboration of a careful informed consent process for genomic research, the main components of which are discussed in this article.

Genomic characterization, antimicrobial resistance profiles, enterotoxin, and biofilm production of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from clinical and animal products origins in Eastern Turkey / Caracterização genômica perfis de resistência antimicrobiana, produção de enterotoxinas e biofilme Staphylococcus aureus resistente à meticilina isolado de origem clínica e de produtos de origem animal no leste da Turquia

Staphylococcus aureus is an opportunistic and ubiquitous pathogen found in the skin, nares, and mucosal membranes of mammals. Increasing resistance to antimicrobials including methicillin has become an important public concern. One hundred and eight (108) S. aureus strains isolated from a total of 572 clinical and animal products samples, were investigated for their biofilm capability, methicillin resistance, enterotoxin genes, and genetic diversity. Although only one strain isolated from raw retail was found as a strong biofilm producer, the percentage of antimicrobial resistance pattern was relatively higher. 17.59% of S. aureus strains tested in this study were resistant to cefoxitin and identified as methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates. mecA and mecC harboring S. aureus strains were detected at a rate of 2.79% and 0.93%, respectively. In addition, staphylococcal enterotoxin genes including Sea, Seb, Sec, and Sed genes were found to be 18.5%, 32.4%, 6.5% and 3.7%, respectively. The phylogenetic relationship among the isolates showed relationship between joint calf and cow milk isolates. Multi locus sequence typing (MLST) revealed three different sequence types (STs) including ST84, ST829, and ST6238. These findings highlight the development and spread of MRSA strains with zoonotic potential in animals and the food chain throughout the world.

Staphylococcus aureus é um patógeno dúctil e ubíquo encontrado na pele, narinas e membranas mucosas de mamíferos. O aumento da resistência aos antimicrobianos, incluindo a meticilina, tornou-se uma importante preocupação pública. Cento e oito (108) cepas de S. aureus isoladas de um total de 572 amostras clínicas e de produtos animais foram investigadas por sua capacidade de biofilme, resistência à meticilina, genes de enterotoxinas e diversidade genética. Embora apenas uma cepa isolada do cru tenha sido encontrada como forte produtora de biofilme, a porcentagem do padrão de resistência antimicrobiana foi relativamente maior. Parte das cepas (17,59%) de S. aureus testadas neste estudo eram resistentes à cefoxitina e identificadas como isolados de MRSA. mecA e mecC abrigando cepas de S. aureus foram detectados a uma taxa de 2,79% e 0,93%, respectivamente. Além disso, verificou-se que os genes da enterotoxina estafilocócica, incluindo os genes Sea, Seb, Sec e Sed, eram 18,5%, 32,4%, 6,5% e 3,7%, respectivamente. A relação filogenética entre os isolados mostrou relação entre os isolados de bezerro e leite de vaca. A tipagem de sequência multiloco (MLST) revelou três tipos de sequência diferentes (STs), incluindo ST84, ST829 e ST6238. Essas descobertas destacam o desenvolvimento e a disseminação de cepas de MRSA com potencial zoonótico em animais e na cadeia alimentar em todo o mundo.

Genomic characterization, antimicrobial resistance profiles, enterotoxin, and biofilm production of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from clinical and animal products origins in Eastern Turkey

ABSTRACT: Staphylococcus aureus is an opportunistic and ubiquitous pathogen found in the skin, nares, and mucosal membranes of mammals. Increasing resistance to antimicrobials including methicillin has become an important public concern. One hundred and eight (108) S. aureus strains isolated from a total of 572 clinical and animal products samples, were investigated for their biofilm capability, methicillin resistance, enterotoxin genes, and genetic diversity. Although only one strain isolated from raw retail was found as a strong biofilm producer, the percentage of antimicrobial resistance pattern was relatively higher. 17.59% of S. aureus strains tested in this study were resistant to cefoxitin and identified as methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates. mecA and mecC harboring S. aureus strains were detected at a rate of 2.79% and 0.93%, respectively. In addition, staphylococcal enterotoxin genes including Sea, Seb, Sec, and Sed genes were found to be 18.5%, 32.4%, 6.5% and 3.7%, respectively. The phylogenetic relationship among the isolates showed relationship between joint calf and cow milk isolates. Multi locus sequence typing (MLST) revealed three different sequence types (STs) including ST84, ST829, and ST6238. These findings highlight the development and spread of MRSA strains with zoonotic potential in animals and the food chain throughout the world.

RESUMO: Staphylococcus aureus é um patógeno dúctil e ubíquo encontrado na pele, narinas e membranas mucosas de mamíferos. O aumento da resistência aos antimicrobianos, incluindo a meticilina, tornou-se uma importante preocupação pública. Cento e oito (108) cepas de S. aureus isoladas de um total de 572 amostras clínicas e de produtos animais foram investigadas por sua capacidade de biofilme, resistência à meticilina, genes de enterotoxinas e diversidade genética. Embora apenas uma cepa isolada do cru tenha sido encontrada como forte produtora de biofilme, a porcentagem do padrão de resistência antimicrobiana foi relativamente maior. Parte das cepas (17,59%) de S. aureus testadas neste estudo eram resistentes à cefoxitina e identificadas como isolados de MRSA. mecA e mecC abrigando cepas de S. aureus foram detectados a uma taxa de 2,79% e 0,93%, respectivamente. Além disso, verificou-se que os genes da enterotoxina estafilocócica, incluindo os genes Sea, Seb, Sec e Sed, eram 18,5%, 32,4%, 6,5% e 3,7%, respectivamente. A relação filogenética entre os isolados mostrou relação entre os isolados de bezerro e leite de vaca. A tipagem de sequência multiloco (MLST) revelou três tipos de sequência diferentes (STs), incluindo ST84, ST829 e ST6238. Essas descobertas destacam o desenvolvimento e a disseminação de cepas de MRSA com potencial zoonótico em animais e na cadeia alimentar em todo o mundo.

Privacidad y confidencialidad de los datos genéticos y genómicos de uso diagnóstico en Colombia. Legislación comparada con Australia / Privacy and Confidentiality of Genetic and Genomic Data for Diagnostic Use in Colombia. Legislation Compared to Australia / Privacidade e confidencialidade de dados genéticos e genômicos para uso diagnóstico na Colômbia. Legislação em comparação com a Austrália

Resumen: La información genética y genómica requiere regulaciones estrictas para su manejo adecuado con el fin de evitar la divulgación inapropiada y la discriminación secundaria, pues tiene una relación directa con los derechos fundamentales y los principios bioéticos. De ahí la necesidad de evaluar la regulación colombiana existente, por lo que se realizó una revisión sistemática de la literatura en bases de datos del 2000 al 2020, sitios web del Congreso de la República de Colombia, la Comisión de Reforma de la Ley Australiana y la Corte Constitucional de Colombia, para identificar las falencias y los aciertos en la jurisprudencia actual del manejo, el control y la accesibilidad de la población colombiana a las pruebas e información genética. Se toma como referente Australia para comprender y plantear mejoras. Se encontró que en Colombia la información genética se cataloga como sensible (Sentencia C-334-10) con regulaciones inespecíficas sin norma legislativa. En contraste, Australia dispone de directrices bioéticas específicas, penalización y protocolos que abarcan las implicaciones individuales y colectivas descritas en el Privacy Legislation Amendment Act del 2006. Es necesario que en Colombia se cree una regulación jurídica específica para la información genética y genómica con énfasis en pautas de uso sobre la privacidad, la divulgación y la no discriminación.

Abstract: Genetic and genomic information requires strict regulations for its proper handling in order to avoid inappropriate disclosure and secondary discrimination, since it is directly related to fundamental rights and bioethical principles. Hence the need to evaluate the existing Colombian regulation, for which a systematic review of the literature was carried out on databases from 2000 to 2020, websites of the Congress of the Republic of Colombia, the Australian Law Reform Commission and the Constitutional Court of Colombia, to identify the shortcomings and the successes in the current jurisprudence of the management, control and accessibility of the Colombian population to tests and genetic information. Australia is taken as a reference to understand and propose improvements. It was found that in Colombia genetic information is classified as sensitive (Sentence C-334-10) with non-specific regulations without legislative norm. In contrast, Australia has specific bioethical guidelines, criminalization and protocols that cover the individual and collective implications described in the Privacy Legislation Amendment Act of 2006. It is necessary that a specific legal regulation be created for genetic and genomic information with emphasis on usage guidelines on privacy, disclosure and non-discrimination in Colombia.

Resumo: As informações genéticas e genômicas requerem regulamentações rígidas para o seu correto manuseio, a fim de evitar a divulgação inadequada e a discriminação secundária, pois está diretamente relacionada aos direitos fundamentais e aos princípios bioéticos. Daí a necessidade de avaliar a regulamentação colombiana existente, para a qual foi realizada uma revisão sistemática da literatura em bancos de dados de 2000 a 2020, sites do Congresso da República da Colômbia, da Comissão Australiana de Reforma da Lei e do Tribunal Constitucional da Colômbia, identificar as deficiências e os sucessos na jurisprudência atual da gestão, controle e acessibilidade da população colombiana a testes e informação genética. A Austrália é tomada como referência para entender e propor melhorias. Constatou-se que na Colômbia a informação genética é classificada como sensível (Sentença C-334-10) com regulamentações não específicas sem norma legislativa. Por outro lado, a Austrália possui diretrizes bioéticas específicas, criminalização e protocolos que abrangem as implicações individuais e coletivas descritas na Lei de Emenda à Legislação de Privacidade de 2006. É necessário que na Colômbia seja criada uma regulamentação legal específica para informações genéticas e genômicas com ênfase no uso diretrizes sobre privacidade, divulgação e não discriminação.

Estructura, propiedades y genética de las caseínas de la leche: una revisión / Structure, properties and genetic of milk caseins: a review / Estrutura, propriedades e genética das caseínas do leite: uma revisão

Resumen La leche es un alimento esencial para los humanos y una de sus importancias radica en el contenido de proteínas lácteas. Las proteínas más frecuentes en este preciado líquido son las caseínas (αS1-caseína, αS2-caseína, β-caseína y κ-caseína), las cuales son fuente de aminoácidos para la dieta de los mamíferos en sus primeros días de vida. En la leche, las caseínas, están formadas por agregados moleculares de proteínas de tamaños variables denominados micelas. El objetivo de esta revisión es presentar un panorama general de la estructura, propiedades y genética de las caseínas lácteas y su relación con la salud humana. A partir de esta revisión, se pudo establecer, que las αs1 y αs2 caseínas se encuentran en conjunto con la β-caseína, formando el núcleo micelar, interactuando con los iones de calcio, para formar y mantener la micela estable. Animales caracterizados genéticamente con algunas variantes de estas proteínas, se asocian con un rendimiento en el volumen de leche. La κ-caseína, por su parte, está asociada con un aumento en el rendimiento y calidad de los quesos, de ahí su importancia económica, mientras que las formas más comunes de β-caseína en razas de ganado lechero son A1 y A2. La β-caseína A2 no presenta efectos negativos a la salud humana, por el contrario, ha sido asociada con propiedades reductoras de colesterol y triacilglicéridos. Sin embargo, la variante A1 de la β-caseína produce un péptido bioactivo denominado β-casomorfina-7 (BCM-7), que puede desempeñar un papel etiológico poco claro en el desarrollo de algunas enfermedades en humanos, tales como: enfermedad isquémica del corazón, diabetes mellitus tipo 1, síndrome de muerte súbita infantil (SIDS), desórdenes neurológicos, como autismo y esquizofrenia.

Abstract Milk is an essential food for humans and one of the reasons of its importance lies in the content of milk proteins. The most frequent proteins in this precious liquid are caseins (αS1-casein, αS2-casein, β-casein and κ-casein), which are a source of amino acids for the diet of mammals in their first days of life. In milk, caseins are made up of molecular aggregates of proteins of varying sizes called micelles. The objective of this review is to present an overview of the structure, properties and genetics of dairy caseins and their relation with human health. From this review, it was established that αs1 and αs2 caseins are found together with β-casein, forming the micellar nucleus and interacting with calcium ions, to form and maintain stable the micelle. Animals genetically characterized with some variants of these proteins are associated with a yield in milk volume. For its part, κ-casein is associated with an increase in the yield and quality of cheeses, hence its economic importance, while the most common forms of β-casein in dairy cattle are A1 and A2. β-casein A2 does not have negative effects on human health; on the contrary, it has been associated with lowering properties of cholesterol and triacylglycerides. However, the A1 variant of β-casein produces a bioactive peptide called β-casomorphin-7 (BCM-7), which may play an unclear etiological role in the development of some diseases in humans, such as: ischemic heart disease, type 1 diabetes mellitus, sudden infant death syndrome (SIDS), neurological disorders, such as autism and schizophrenia.

Resumo O leite é um alimento essencial para o ser humano e uma de suas principais característica é o teor de proteínas do leite. As proteínas mais frequentes neste líquido são as caseínas (αS1-caseína, αS2-caseína, β-caseína e κ-caseína), que são uma fonte de aminoácidos para a dieta dos mamíferos nos primeiros dias de vida. As caseínas no leite são constituídas por agregados moleculares de proteínas de variados tamanhos, chamados micelas. O objetivo desta revisão é apresentar uma visão geral da estrutura, propriedades e genética das caseínas lácteas e sua relação com a saúde humana. A partir desta revisão, foi estabelecido que as caseínas αs1 e αs2 são encontradas em conjunto com a β-caseína, formando o núcleo micelar, interagindo com os íons cálcio, para formar e manter a micela estável. Animais geneticamente caracterizados com algumas variantes dessas proteínas estão associados com o rendimento da produção de leite. Por sua vez, a κ-caseína está associada ao aumento do rendimento da produção e da qualidade dos queijos, por isso sua importância econômica, enquanto as formas mais comuns de β-caseína em bovinos leiteiros são A1 e A2. A Β-caseína A2 não tem efeitos negativos na saúde humana, pelo contrário, tem sido associada a propriedades redutoras do colesterol e dos triacilglicéridos. No entanto, a variante A1 da β-caseína produz um peptídeo bioativo denominado β-casomorfina-7 (BCM-7), que pode desempenhar uma função etiológico ainda desconhecida no desenvolvimento de algumas doenças em humanos, tais como: doença isquêmica do coração, diabetes mellitus tipo 1, síndrome da morte súbita infantil (SMSL), distúrbios neurológicos, como autismo e esquizofrenia.

Nueva clasificación molecular del carcinoma de endometrio: impacto en el diagnóstico histopatológico, tratamiento y pronóstico / New molecular classification of endometrial carcinoma: impact on histopathological diagnosis, treatment, and prognosis / Nova classificação molecular do carcinoma de endométrio: impacto no diagnóstico histopatológico, tratamento e prognóstico

Introducción. El carcinoma de endometrio es una patología heterogénea a nivel patogénico, histopatológico y molecular. En los últimos años se han sumado esfuerzos para esclarecer y aumentar el conocimiento de las bases moleculares, logrando así dividir las pacientes en cuatro subgrupos descritos por el Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA, por sus siglas en inglés), obteniéndose valiosa información que afecta el diagnóstico, tratamiento y pronóstico de las pacientes con esta enfermedad. El objetivo de la siguiente revisión es exponer la nueva clasificación molecular del carcinoma de endometrio, así como discutir las ventajas que esta trae a la hora de estratificar a las pacientes y tomar decisiones terapéuticas. División de los temas tratados. Se realizó una búsqueda bibliográfica no sistemática en las bases de datos PubMed, Cochrane y Medline desde el año 2014 hasta el 2020 sobre el carcinoma de endometrio y su clasificación molecular. Se expone de manera concreta y actualizada el contexto histórico, los diferentes subgrupos moleculares y cómo estos impactan en el manejo de las pacientes. Conclusiones. El carcinoma de endometrio es una enfermedad heterogénea a nivel histopatológico, clínico y molecular. Con la nueva clasificación y los estudios prospectivos se podrán crear nuevas estrategias que permitan brindar mejores protocolos diagnósticos y terapéuticos.

Introduction. Endometrial carcinoma is a heterogeneous pathology in pathologenic, histopathological, and molecular terms. Over the last years, efforts have been made to clarify and increase knowledge of molecular bases, as such dividing patients into four subgroups described by the The Cancer Genome Atlas (TCGA), obtaining valuable information that affects the diagnosis, treatment, and prognosis of patients with this disease. The objective of this review is to exhibit the new molecular classification of endometrial carcinoma, and to discuss its advantages when stratifying patients and making therapeutic decisions. Division of Covered Topics. A non-systematic bibliographical search was carried out in the PubMed, Cochrane, and Medline databases from 2014 to 2020, on endometrial carcinoma and its molecular classification. The historical context, different molecular subgroups and how these impact patient handling are shown in a concrete and updated way. Conclusions. Endometrial carcinoma is a heterogeneous disease in histopathological, clinical, and molecular terms. With the new classification and the prospective studies, new strategies can be created to provide better diagnostic and therapeutic protocols.

Introdução. O carcinoma de endométrio é uma patologia heterogênea no nível patogênico, histopatológico e molecular. Nos últimos anos, foram feitos esforços para esclarecer e aumentar o conhecimento das bases moleculares, conseguindo dividir as pacientes em quatro subgrupos descritos pelo Atlas do Genoma do Câncer (TCGA, por suas siglas em inglês), obtendo informações valiosas que afetam o diagnóstico, o tratamento e o prognóstico das pacientes com esta doença. O objetivo da seguinte revisão é apresentar a nova classificação molecular do carcinoma de endométrio, bem como discutir as vantagens que ela traz no momento de estratificar as pacientes e tomar decisões terapêuticas. Divisão dos tópicos abordados. Uma pesquisa bibliográfica não sistemática foi realizada nas bases de dados PubMed, Cochrane e Medline de 2014 a 2020 sobre o carcinoma de endométrio e sua classificação molecular. São apresentados de forma concreta e atualizada o contexto histórico, os diferentes subgrupos moleculares e como esses têm impacto no tratamento das pacientes. Conclusões. O carcinoma de endométrio é uma doença heterogênea no nível histopatológico, clínico e molecular. Com a nova classificação e estudos prospectivos, novas estratégias podem ser desenvolvidas para fornecer melhores protocolos diagnósticos e terapêuticos.

Bases genômicas do carcinoma basocelular não sindrômico: revisão da literatura / Genomic bases of non-syndromic basal cell carcinoma: literature review

RESUMO Introdução: As neoplasias cutâneas não melanoma representam o tipo mais frequente em ambos os sexos no mundo, sendo o carcinoma basocelular o mais prevalente, representando de 75 a 80% dos casos. No Brasil, o número de casos novos esperados para o triênio 2020-2022, será de 83.770 em homens e 93.160 em mulheres, correspondendo a um risco estimado de 80,12 casos novos para 100 mil homens e de 86,65 casos novos para 100 mil mulheres. Este dado demonstra a grande importância do conhecimento genômico na gênese do carcinoma basocelular esporádico. Objetivo: Descrever os principais genes e marcadores moleculares envolvidos na predisposição e na patogênese do carcinoma basocelular não sindrômico. Métodos: Revisão da literatura nas principais bases de dados NCBI-GTR, ClinVar, ClinGen, MedGen, OMIM e GeneReviews , utilizando como descritores: "BCC" e " basal cell carcinoma ". Critérios de inclusão: língua portuguesa ou inglesa, artigos sobre CBC esporádico. Resultados: Foram selecionados treze artigos para análise. A análise revelou uma robusta ligação da via hedgehog na gênese do carcinoma basocelular esporádico, com os principais genes envolvidos representados por PATCH1, PATCH2 e smoothened . As variantes com maior significância clínica foram SMO-M2, PTCH1 e PTCH2-∆22. A mutação mais encontrada fora a relacionada à ação do UVB, sendo representada pela substituição de C>T ou CC>TT no sítio das pirimidinas, tanto no PTCH, quanto no SMO. Conclusão: Extremamente importante aos profissionais que atuam no diagnóstico e tratamento do CBC, dentre os quais os cirurgiões plásticos, pois assim poderão melhor conduzir seus casos, com diagnósticos mais precisos e condutas de prevenção baseadas na suscetibilidade individual de cada paciente, bem como terapêuticas direcionadas e individualizadas com melhores taxas de sucesso.

ABSTRACT Introduction: Non-melanoma skin neoplasms represent the most frequent type in both sexes globally, with basal cell carcinoma being the most prevalent, representing 75 to 80% of cases. In Brazil, the number of new cases expected for the triennium 2020-2022 will be 83,770 in men and 93,160 in women, corresponding to an estimated risk of 80.12 new cases for 100,000 men and 86.65 new cases for 100,000 women. This data demonstrates the great importance of genomic knowledge in the genesis of sporadic basal cell carcinoma. Objective: To describe the main genes and molecular markers involved in the predisposition and pathogenesis of non-syndromic basal cell carcinoma. Methods: Literature review in the main databases NCBI-GTR, ClinVar, ClinGen, MedGen, OMIM and GeneReviews , using as descriptors: "BCC" and " basal cell carcinoma ". Inclusion criteria: Portuguese or EnGLIsh language, articles on sporadic BCC. Results: Thirteen articles were selected for analysis. The analysis revealed a robust hedgehog pathway link in the genesis of sporadic basal cell carcinoma, with the main genes involved represented by PATCH1, PATCH2 and smoothened . The variants with the highest clinical significance were SMO-M2, PTCH1 and PTCH2-∆22. The mutation most found was related to the action of UVB, being represented by the substitution of C>T or CC>TT at the pyrimidine site, both in PTCH and in SMO. Conclusion: Extremely important to professionals working in the diagnosis and treatment of BCC, including plastic surgeons, as this way they can better conduct their cases, with more accurate diagnoses and prevention approaches based on the individual susceptibility of each patient, as well as targeted therapies and individualized with better success rates.

El genoma humano y el desarrollo de la genética forense / The human genome and the development of forensic genetics

El objetivo de este artículo es introducir al médico generalista en los adelantos científicos y técnicos de la genética forense. A partir de los trabajos de Mendel en 1865 sobre hibridación en las plantas se sucedieron avances en el conocimiento del ADN y se incorporaron nuevas técnicas de laboratorio, que permitieron detectar en el ADN un sector no codificante. El conocimiento de este sector junto con los adelantos de informática (software) han permitido progresos innovadores en el desarrollo de las técnicas de identificación forense, logrando que la Genética Forense se convierta en un auxiliar de la justicia para la resolución de casos de filiación, el reconocimiento de restos humanos y el descubrimiento de responsables de crímenes a través de la identificación de ADN encontrado en la escena. (AU)

The objective of this article is to introduce the general practitioner to the scientific and technical advances of forensic genetics. From the work of Mendel in 1865 on hybridization in plants, advances were made in the knowledge of DNA and new laboratory techniques were incorporated, which made it possible to detect a non-coding sector in DNA. Knowledge of this sector together with the advances in computer science (software) have allowed innovative progress in the development of forensic identification techniques, making Forensic Genetics an auxiliary of justice, for the resolution of filiation cases, the recognition of human remains and the discover of the person responsible for the crimes through the identification of their DNA found at the scene of a crime. (AU)